История кафедры органической и аналитической химии Северо-Кавказского Федерального Университета (СКФУ) берёт своё начало с кафедры химии, образованной в 1930 г на химико-биологическом отделении только что открытого Ставропольского агропедагогического института (в 1932 г переименован в Северо-Кавказский педагогический институт). Заведующим кафедрой был назначен Н.Н. Рождественский.

В шестидесятые годы, к тому времени уже в составе Ставропольского государственного педагогического института, кафедрой химии заведовал кандидат химических наук, доцент Кузнецов П.М.  В дальнейшем, в 70-80-е годы кафедрой руководили доц. Ажипа Л.Т., доц. Сакович Г.В., доц. Давидянц С.Б. В последствии с 1933 года он руководил кафедрой органической химии в Донецке. Собственно говоря, до 70-х годов прошлого столетия науки на кафедре химии как таковой не было.

В середине 80-х годов прошлого века на кафедре начал работать доцент А.А Михалев, позже возглавивший кафедру химии и заведовавший ею до её разделения в 1996 годы на две: кафедры органической и физической химии и неорганической и аналитической химии. Этот период связан с неорганическими люминофорами.

Следует отметить, что до 1994 г органической химии как самостоятельного направления на Ставрополье не существовало.  Выполнялись отдельные работы в рамках диссертационных исследований под руководством профессоров из других регионов.  Так, Мария Максимовна Медведева работала в Ставропольском государственном педагогическом институте (вошел в состав СКФУ) и в 70-е годы обучалась в течение 10 лет в аспирантуре на кафедре органической химии Ростовского государственного университета под руководством проф. А.Ф. Пожарского. В 1981 году она защитила кандидатскую диссертацию по органической химии, которая стала первой диссертацией по этой специальности, выполненной в Ставрополе. Диссертация была посвящена аминированию и гидроксилированию производных бензимидазола. Содержание этой диссертационной работы изложено в шести статьях, которые вплоть до середины 90-х годов прошлого века оставались единственными публикациями по органической химии, выполненными в Ставрополе.

В это же время в различные ВУЗы Ставрополя пришла плеяда выпускников аспирантуры Ростовского государственного университета: Б.К. Марцоха  (Ставропольский государственный политехнический институт, вошел в состав СКФУ), В.И. Соколов (Невинномысский филиал Ставропольского государственного политехнического института, вошел в состав СКФУ), И.В. Боровлев (Ставропольский сельскохозяйственный институт). Однако ни один из них до середины 90-х годов не проводил исследований в области органической химии.

В 1994 году работу на кафедре начали А.В. Аксенов и И.В. Аксенова, выпускники МХТИ имени Д.И. Менделеева (сейчас Российский химико-технологический университет им. Д. И. Менделеева). Начались исследования в области химии хинолинов, а в частности 2,3'-бихинолина. В 1997 году на кафедру был приглашен И.В. Боровлев, выпускник кафедры органической химии Ростовского государственного университета. К 2001 году А.В. Аксенов защитил докторскую диссертацию и возглавил недавно образованную по его инициативе кафедру органической и физической химии.

Александр Викторович Аксенов родился 3 июня 1966 года в г. Ставрополь. В 1991 году закончил МХТИ имени Д.И. Менделеева, с 1991 по 1994 г обучался в аспирантуре на кафедре органической химии РХТУ им. Д.И. Менделеева. В 1994 г защитил кандидатскую диссертацию на тему «Новые области применения гидрида натрия в органической химии». Руководителем этой работы был профессор Ю.И. Смушкевич, представитель научной школы проф. Н.Н. Суворова. В 2001 году в РХТУ им. Д.И. Менделеева защитил докторскую диссертацию на тему: «Синтез и особенности поведения 2,3`-бихинолила и его производных в реакциях с нуклеофильными и электрофильными реагентами».

В ходе разработки этой тематики был предложен метод синтеза 2,3-бихинолинов и 1,4-дигидро-2,3-бихинолинов основанный на кросс-сочетании хинолинов под действием гидрида натрия. Распространяя методологию димеризации хинолинов на другие соединения, содержащие кратную связь углерод-азот, был разработан метод синтеза 1,3,5-триазинов в ходе тримеризации нитрилов кислот под действием гидрида натрия. Был показан одноэлектронный характер этих реакций. Также были разработаны методы синтеза 2,3'-бихинолинов и их дигидропроизводных посредством замыкания одного из хинолиновых фрагментов.  По ходу выполнения этого проекта также исследовались синтетические возможности реакции Вильсмайера. Наиболее интересным результатом этой части исследований стала демонстрация возможности применения реакции Бэйлиса-Хилмана на основания Шиффа и ее применение для синтеза гетероциклов. На примере производных 2,3'-бихинолинов изучено одноэлектронное восстановление ароматических соединений и свойства продуктов этого восстановления. В результате найдены: катионозависимость SET-процессов, реакция дианионов с нуклеофильными реагентами, механизм которой включает ранее неизвестную элементарную стадию, неизвестное ранее гетарилирование N-оксидами, сформулирован общий механизм реакций дианионов ароматических соединений с электрофильными и нуклеофильными реагентами. Изучено нуклеофильное и электрофильное замещение в бис-гетероциклах . Изучены факторы, определяющие региоселективность нуклеофильного замещения в 2,3'-бихинолинах и их солях, в первую очередь роль катиона металла и "жесткость" нуклеофильного реагента.

В ходе исследования нуклеофильного замещения в дигидропроизводных 2,3'-бихинолина, найдена неизвестная ранее реакция замещения гидрид-иона с аллильной перегруппировкой. При изучении механизма электрофильного замещения в замещенных хинолинах показано, что в зависимости от механизма реакция электрофильного замещения осуществляется с участием разных хинолиновых фрагментов 2,3'-бихинолина.

В результате была выполнена первая кандидатская на кафедре соискателем И.В. Аксеновой (1999), первая докторская А.В. Аксеновым (2001). Появилась аспирантура по органической химии; первой защитившимя аспирантом была Н.В. Демидова.

С 1997 года на кафедре были начаты работы в области азапиренов. Наиболее значительными достижениями в этой области были разработанные методы синтеза различных полиядерных соединений. В 2004 г докторскую диссертацию защитил И.В. Боровлев, в 2007 г – В.И. Гончаров.

В 2004 году кафедра органической и физической химии вновь была реорганизована. Произошло ее разделение на кафедру органической, физической и фармацевтической химии, которую возглавил проф. А.В. Аксенов и кафедру химии гетероциклических соединений, которую возглавил проф. И.В. Боровлев. Последняя просуществовала до 2010 г, когда вновь произошло ее слияние с кафедрой органической, физической и фармацевтической химии.

Начиная с 2006 года на кафедре были продолжены работы в области химии 1,3,5-триазинов. Был предложен метод пери-аннелирования пиридинового ядра к феналенам с помощью 1,3,5-триазинов и нитрилов в ПФК; для расширения синтетических возможностей раскрытия цикла в 1,3,5-триазинах была предложена новая система реагентов 1,3,5-триазины/ПФК, используемая самостоятельно или в присутствии дополнительного реагента. Наиболее интересным представляется изменение региоселективности реакции эфиров 2-нафтола с триазинами в ПФК. Итогом этих работ явилась докторская диссертация И.В. Аксеновой, которую она защитила в 2009 году. К этому моменту под руководством А.В. Аксенова было защищено 13 кандидатских и 3 докторских диссертации (на сегодняшний день 27 и 4 соответственно).

Следующим направлением исследований  кафедры стал поиск новых методов прямого электрофильного аминирования. Было найдено две системы реагентов для этой цели; в частности, разработан метод прямого электрофильного аминирования ароматических соединений основанный на применении азида натрия в ПФК. Метод оказался приемлем для аминирования азафеналенов, например, перимидина, нафталина, фенолов и их эфиров, включая краун-эфиры.

Другой подход к электрофильному аминированию разработанный в лаборатории А.В. Аксенова, включает использование нитроалканов в ПФК. В реакцию вступает бензол и его производные, содержащие донорный заместитель, краун-эфиры и др. Замена нитроэтана нитрометаном позволила разработать метод карбоксиамидирования аренов, 2-нитропропаном – метод синтеза диариламинов.

В 2012 году в результате объединения кафедр органической, физической и фармацевтической химии, неорганической и аналитической химии и частично биологической и медицинской химии СГУ была создана кафедра химии СКФУ.  Первым заведующим избран проф. А.В. Аксенов.

В течение ряда лет продолжается тесное сотрудничество между научными группами проф. А.В. Аксенова и М.А. Рубина – доцента Химического факультета Канзасского университета в США.  М.А. Рубин - выпускник химического факультета МГУ им. М. В. Ломоносова; в 1994 г он выполнил дипломную работу в лаборатории элементоорганических соединений, возглавляемой академиком РАН И.П. Белецкой, и поступил в аспирантуру того же университета  под руководством проф. И.Г. Болесова. В 2014 г защитил в СКФУ докторскую диссертацию по органической химии по теме «Каталитические реакции присоединения циклопропенов».  В настоящее время совмещает должности ведущего научного сотрудника лаборатории Новых синтетических методов НИИ Химии и химической технологии СКФУ и доцента органической химии Канзасского Университета. Эта совместная работа привела к очередному качественному скачку в работе кафедры и вывела ее на международный уровень.  Кроме продуктивного обмена идеями, данными и материалами, студенты и сотрудники кафедры получили возможность прохождения стажировки в США на базе Канзасского университета.

Этот новый скачок проявился и в работах, связанных с реакциями нитросоединений в ПФК. Была сформулирована идея «умных» реакционных сред. Наиболее яркими работами последних лет являются реакции транс-аннелирования.

В 2020 году из кафедры химии была выделена кафедра: Органической и аналитической химии.